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生物学データベース統合システム
PDV(Pathway-Design-Viewer)



本システムは,パスウェイを中心として関連するデータを統合して,検索/表示するシステムです.パスウェイに含まれる酵素や化合物や,病気などの原因物質などからパスウェイを探し出すことができます.対象とするデータベースは,ゲノムネットによって提供されるパスウェイや,酵素などのデータ,タンパク質の立体構造のデータなどがあります.さらに,本システムとドッキングシミュレーションシステムのD3/3Dとを連携させることにより,パスウェイ中の酵素をドラッグターゲットとしてドッキングシミュレーションをし,ドラッグデザインに利用することも可能です.


システムの機能




パスウェイの名前,酵素,化合物の名前,病気の名前からパスウェイを検索する
パスウェイのグラフィック表示を行い,詳細情報は各ノードを操作することで取得する






グラフィック表示されたパスウェイの任意の酵素を選び
立体構造データをD3/3Dに送信することでシミュレーションを行う




発表論文

関根毅,平石広典,溝口文雄
「生物学データベースの視覚化および統合のための研究」
情報処理学会第66回全国大会,2004年

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